サイトコントローラーから予約番の情報(料金や部屋在庫)を更新できない原因として大きく2つの可能性があります。
・プランの「公開/休止」の項目が1つでも「料金未設定」となっている。
・プラン(部屋)の「定員数」設定や、部屋の紐づけを変更した。
下記をお試しいただきますと解消する可能性があります。
対応方法1
プランに紐づくお部屋の「公開/休止」の項目が1つでも「料金未設定」の状態になっている場合は、「料金設定」の「基本」ページで設定をおこないます。

【設定方法】
1.「プラン管理」→「一覧」より
「料金未設定」となっている部屋タイプの「基本」をクリック。
2.「基本料金設定」を確認(必要に応じて修正)する。
※修正が不要な場合は、そのままでも問題ありません。
3.「設定する」にて更新します。
上記の設定後、自動でプラン一覧に戻ります。
該当のプランのお部屋「公開/休止」箇所が下記の画像のような表記に変わります。

4.サイトコントローラー側で予約番のプランを再読み込みや更新をお試しください。
対応方法2
予約番の管理画面で「定員数の変更」や、新たな「部屋タイプ」の追加などをおこなった場合は、サイトコントローラー側で対象のプランを再読み込みしたうえで、在庫の更新をお試しください。